Kaut arī mikropigmentācija attiecas uz procedūrām, kurām ir dekoratīvs efekts, tās veikšanā tiek bojāts ādas virsējais aizsargslānis. Tāpēc ir ārkārtīgi svarīgi apzināties visus iespējamus riskus un kontrindikācijas. Tās var sadalīt sekojošās kategorijās:
 
Absolūtas kontrindikācijas:
alerģiskā reākcija uz krāsvielu; ādas zonas struktūrālas izmaiņas (jaunveidumi, keloidu rētas, kārpas, melanomas, impetigo, psoriāze, hloāzma, nevus un ādas vēzis)
 
Laicīgas kontrindikācijas:
menstruācija, herpes simpleks vai zoster, konjuktivits, imunitātes nestabilitāte, grūtniecība, barošana, estētiskas infiltrācijas, plastiskas operācijas, lokāla infekcija, nestabilizētas rētas, ādas bojājumi mikropigmentācijas zonā (lokalais dermatīts, hematomas, saules apdegumi utt.)
(Cilvēkiem, kuri ir herpes vīrusa nēsātāji un kuriem tiek veikta mikropigmentācija lūpu zonā, var tikt izprovocēta šī vīrusa aktivizēšanās. Šī iemesla dēļ ir nepieciešams profilaktiski lietot atbilstošu preparātu tūlīt pēc procedūras veikšanas un vēl 4 dienas pēc tās).
 
Pēc ārsta atļaujas saņemšanas:
diabēts, hemofilija, sirds un asinsvadu slīmības, epilepsija, vēzis, citas patoloģiskas slīmības.
 
Uzmanību!!! Pēc esošās Eiropas likumdošanas meistaram obligāti jāpabrīdina klientu par iespējamiem riskiem un komplikācijām. Par tādām var būt:
 
Alerģiskas reakcijas, ādas reakcijas (pietūkums, apsārtinājums, nieze sadzīšanas laikā)
Herpes simplex provokācija lūpu mikropigmentācijas gadījumā
Patoloģiska rētu audumu veidošana
 
Higiēnas noteikumu neievērošanas gadījumā ir iespējami sekojošie riski:
lokālas infekcijas
kopīgas infekcijas -Hepatit (HBV, HCV) HIV